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Mucha gente considera indeseables a los microorganismos presentes en el agua residual. De forma natural las bacterias, hongos, protozoarios, y rotíferos luchan por el consumo de los compuestos presentes. Los biorreactores de las plantas de tratamiento de agua residual proporcionan las condiciones óptimas para que estos microorganismos ayuden a la eliminación de residuos. La aplicación del oxígeno adecuado en estos equipos es fundamental para que los microorganismos conviertan la materia orgánica biodegradable en lodos que se puedan retirar más fácilmente.

Comúnmente se relaciona al ozono con su presencia en la capa de la atmósfera que permite el paso de los dañinos rayos ultravioleta, sin embargo por su naturaleza química es un fuerte oxidante que permite una desinfección efectiva como parte de procesos de purificación de agua.